De retour au FC Porto en janvier 2019, Pepe s'est imposé en tant que titulaire indiscutable de cette équipe portugaise malgré son âge de 39 ans. Sous contrat avec les Dragons jusqu'en juin 2023, l'ancien défenseur du Real Madrid pourrait bien poursuivre l'aventure avec le FC Porto.
En effet, à en croire les informations du média portugais MarketFCP, Pepe serait sur le point de prolonger son contrat avec le FC Porto dans le but de pouvoir disputer l'Euro 2024 avec le Portugal. Le champion d'Europe 2016 n'a toujours pas digéré son élimination en quarts de finale de la Coupe du Monde face au Maroc et espère bien finir sur une bonne note en remportant l'Euro 2024.